15-4-2005 (BL)

 

                   LOGICIEL I-SESIM  

 

PLAN

1)   PRESENTATION

2)     APPEL DU PROGRAMME

3)     SAISIE – MODIFICATIONS

4)     EXPLOITATIONS  

5)     DESCRIPTIF

6)     LISTE PARAMETRABLE

7)     SELECTION MULTICRITERES

8)   AUTRES RENSEIGNEMENTS                     

 

1) PRESENTATION

 

1.1 - Logiciel I-SESIM

I-SESIM est une version adaptée aux Images du logiciel SESIM.

SESIM est un acronyme de : « Saisie et Exploitation Statistique d'Informations Médicales (ou Multiples) »

I-SESIM permet de gérer des images (médicales ou non) en les associant à des sélections multi-critères et des traitements statistiques sur les paramètres d’un questionnaire (descriptif) paramétrable qui permet de décrire l'image.  

 

1.2 - Démo

La base de données fournie en démo est constituée de quelques dossiers avec des images et un petit descriptif.

Le descriptif est facilement adaptable (changements ou ajouts) à une autre application.

 

1.3 - Auteurs

Bernard et Jean LEGRAS (Nancy) – 03-83-27-43-94 - famillelegras@hotmail.com

 

2) APPEL DU PROGRAMME

                       

Cliquez sur le programme I-SESIM.exe. L’écran suivant s’affiche :

 

 

Menu

Trois boutons pour les taches essentielles (création, consultation, images) 

Une barre de menu général (située en haut)  qui propose : Défilement d’images - Recherche de mots - Listes, stat  - Descriptif - Autres - Aide

Selon les choix, on voit apparaître en bas de l’écran une sélection sur les dossiers : tous ou non. Si on choisit le « non », on indique le premier et le dernier numéro des dossiers de l'étude.


3) SAISIE - MODIFICATIONS                       

  

3.1 – Création

On clique sur le bouton « création » ou on tape sur la touche F1

Descriptif

L’écran du descriptif de la démo s’affiche :

 

 

Le descriptif est rempli en fonction de l'image sélectionnée (voir plus loin).

La saisie des données est facilitée par le rappel des réponses qui apparaissent à l'écran. Il suffit de taper le code parmi ceux qui sont proposés (validation par ENTREE) ou de cliquer deux fois sur la réponse (ici code « 1 » ou réponse « mer »). 

On peut modifier le descriptif à tout moment en cliquant sur les boutons de modification. On peut soit ajouter des réponses à une question soit modifier la structure (ajout de questions, changement de l'ordre..). On peut créer aussi des liens avec les réponses voulues du questionnaire. Cela est décrit plus loin.

 

Création de l'image

On clique sur le bouton nommé « création de l'image ». On sélectionne le fichier voulu. L'image apparaît à coté du descriptif.

 

 

Le libellé de la question (ici « lieu ») apparaît au-dessus des réponses.

On peut créer une nouvelle image (bouton « + »), la supprimer (bouton « - »), la masquer (bouton « cache image »). On peut associer à l'image un petit texte de commentaires (ici « belle plage »). On peut créer jusqu'à 100 images par dossier (mais un seul questionnaire). En faisant un double-click sur l’image, on la visualise en taille réelle. En cliquant sur le bouton « D », on affiche jusqu’à 8 images par page (présentation en Diaporama).

 

Ecran du texte libre

Pour ajouter un texte libre (maximum = 64000 caractères), on clique sur le bouton « Texte libre » ; on aboutit à l’écran ci-dessous :

 

 

On peut intégrer des textes provenant d'autres fichiers (format texte ou RTF) et créer des liens (ils apparaissent en bleu et soulignés). En activant le lien (il faut d’abord le marquer), on visualise le document lié (image, texte, tableau) dans une fenêtre

 

3.2 – Consultation

On clique sur le bouton « consultation » ou on tape sur la touche F2.

On fournit le numéro du dossier. On aboutit au descriptif avec l'image puis au texte libre que l'on peut modifier comme l'on veut. On peut se déplacer au dossier d’un dossier à l’autre (précédent, suivant, premier, dernier).

 

3.3 – Visualisation

 A tout moment de la saisie ou en modification, on peut visualiser le dossier (bouton « visu »).

 

4) EXPLOITATIONS                       

 

Les exploitations de base des dossiers sont :

- visualiser les images sélectionnées (avec défilement ou non)

- rechercher des dossiers possédant tel mot dans les textes libres

- rechercher des dossiers possédant tel mot dans les textes des images

- constituer des listes

- réaliser des statistiques

 Les exploitations de base peuvent être précédées d'un marquage d'une sélection multi-critères. On choisit la(es) variable(s) du descriptif en cliquant dessus.

 

4.1 – Images

On peut visualiser des images avec déplacement manuel (bouton « Images »); on peut associer une sélection à partir du descriptif (description plus loin). On peut faire apparaître à coté de l'image les données du descriptif. On peut masquer ou non le texte associé à l'image. On peut utiliser un affichage en diaporama (8 images par page).

On peut faire défiler les images automatiquement (barre du menu) : soit une image par dossier (la première) soit toutes les images du dossier. On définit le temps d'apparition de l'image à l’écran (3 secondes par défaut) et si le défilement s'arrête ou non au dernier dossier. On peut indiquer un fichier de sélection des dossiers (fichier créé avec la fonctionnalités « Listes » en cochant la case « liste uniquement »). On peut aussi choisir une apparition aléatoire des dossiers. A tout moment, on peut marquer une pause dans le défilement. On peut jouer sur la dimension des images (2 possibilités) (pour cela, cliquez sur «Autres » puis « paramétrage » puis sur « dimensions de l'image »)

 

4.2 – Recherche de mot dans les textes libres

On peut rechercher un mot dans les textes libres ; on peut associer une sélection à partir du descriptif. Quand la recherche est positive, il apparaît le texte et au-dessus le descriptif. On peut faire apparaître l'image correspondante.

 

 

4.3 – Recherche de mot dans les légendes des images

On peut rechercher un mot dans les légendes des images ; on peut associer une sélection à partir du descriptif. Quand la recherche est positive, il apparaît l'image avec le texte recherché.

 

 

4.4 – Listes

On choisit les éléments de la liste en définissant la place pour chacun d'eux (ex 3 signifie qu'on réserve 3 caractères pour la variable). Si le nombre est >5, les libellés sont indiqués en clair, sinon on obtient le code. La structure de liste peut être enregistrée (standard).

 

 

4.5 – Statistiques

On cliquant sur « statistiques », on obtient le menu suivant :

 

 

Sur les données du descriptif, on peut obtenir :

a) des statistiques simples (une variable) :

- « totalité des variables qualitatives » : dénombrement, fréquence pour toutes les variables de type liste (qualitatives)

- « totalité des variables quantitatives » : moyenne, écart-type, minimum et maximum, médiane..) pour toutes les variables numériques (quantitatives) ainsi que l'histogramme d'une variable sélectionnée.

b) des statistiques croisées (deux variables) :

- « croisement de 2 variables qualitatives » : dénombrement avec test du Chi2

-  « croisement de 2 variables quantitatives » : corrélation

- « croisement d’une variable qualitative  et d’une quantitative » :  analyse de la variance (un facteur) ou comparaison de 2 moyennes.                                                                                       

NB : Selon la nature des variables du descriptif, certains tests ne sont pas utilisables et sont indiqués en grisé.

 

5) DESCRIPTIF

                   

Le descriptif (ou questionnaire) est défini par :

  - 2 fichiers texte : un fichier pour la saisie (ECR1.ANT) et un fichier pour l'édition (ECR1.MAQ)

  - pour chaque réponse de type liste : un fichier (L_REPx.ANT) (x=1,2...)

Dans I-SESIM, par souci de simplicité, le fichier d'édition est construit de façon automatique.

 

5.1 - Modifications

Pendant la saisie (ou la consultation), on peut modifier :

- toute réponse de type liste en cours en cliquant sur le bouton « modif. liste » qui apparaît en bas et à droite pour les réponses de ce type.

Une fenêtre (voir ci-dessous) apparaît dans laquelle on peut : ajouter, corriger ou supprimer un libellé (il faut enregistrer ensuite les modifications).

 

 

 - la structure du descriptif en cliquant sur le bouton « modif. descriptif »

 

 

Pour modifier le descriptif, vous pouvez :

- taper directement les lignes de description. Dans ce cas, il faut connaître les règles d'écriture (voir plus loin)

- utiliser l'aide à la construction. Pour cela, cliquez sur le bouton « construction ligne » et suivez les instructions.

La ligne s'affichera ensuite au bout du fichier de description. Par un copier-coller, vous pouvez placer le nouvel élément où vous souhaitez.

 

5.2 - Types de réponses 

L : variable liste

ex : Lieu  L1

Le fichier réponse (L_REPxx.ANT), repéré par le nombre xx qui suit L, est une liste de libellés (ex : mer, montagne, plaine..). On peut le construire ou le modifier en tapant sur le bouton « modif. liste » dans l'écran du questionnaire

N ; S : valeur numérique

ex : taille en cm  N0

ex : poids en kg  N2

« N » est valable pour les nombres positifs ou nuls.

xx est le nombre de chiffres après la virgule (décimales).

« S » est valable aussi pour les nombres négatifs (cas rare).     

D : date

ex : date de la photo  D

il faut indiquer le jour, le mois et l'année

H : heure

ex : heure de l'examen  H

5) C : texte

ex : lieu C

Le texte correspondant est chargé dans une base à part. Le texte ne peut pas dépasser 255 caractères. On peut limiter le nombre de caractères à une valeur maximale (xx) qui complète C (par ex C8).

A : variable calculée

La variable « calculée » Ax est le résultat d'une expression arithmétique dont les termes sont les résultats numériques de questions de type  N, S ou même A. Pour ce type de variable a priori peu utile ici, consultez le fichier d’aide du descriptif.

 

5.3 - Compléments

Ordre des questions

La position des questions dans le fichier définit l'ordre à la saisie.

ex : on crée une nouvelle question (par exemple le no 32) et on veut la voir apparaître après la 3ème sur l'écran de saisie

(03)cristaux L5

(32)aspect L15

(04)albumine L8

Saut de page

Il est indiqué par le signe *

ex :

(03)cristaux L5

(32)aspect L15

*

(04)albumine L8

Titre

Il est indiqué par (TT) suivi du libellé. (TT) seul définit une ligne blanche

ex :

(TT)   DONNEES MEDICALES

(TT)

 

5.4 - Exemple d'un descriptif

Titre général = HEMATO

 

HEMATO

(01) origine L1

(02) prélévement L2

(03) diagnostic L3

(04) type de cellule L4

(13) rapport N/P N2

(TT)     Aspect cellulaire

(19) Hématies 1 L10

(16) Hématies 2 L10

(20) Plaquettes L11

(21) Leucocytes L12

(05)     noyau:chromatine L5

(06)     noyau:taille L6

(07)     noyau:forme L7

(08)     cytoplasme:couleur L8

(09)     cytoplasme:taille L6

(18)     grains cytoplasmiques:présence L9

(10)     grains cytoplasmiques:couleur L8

(11)     grains cytoplasmiques:taille L6

(12)     grains cytoplasmiques:forme L7

(17) Commentaires C

*

(TT)    Examens biologiques

(14) Nf:GR (T/l) N2

(15) Nf:GB (G/l) N2

 

5.5 – Affichage du descriptif en clair

En cliquant sur « Descriptif » dans le menu général, on peut :

- créer ou modifier le descriptif (de la même façon qu’au cours de la saisie)

- afficher en clair le descriptif avec les questions et les réponses de type liste

 

 

5.6 - Liens

On peut créer des liens hypertexte avec les réponses voulues du descriptif (seulement les réponses de type liste).

On clique sur le bouton « lien » et on définit le fichier correspondant.  Ces réponses avec lien apparaissent ensuite en rouge et soulignées. En double cliquant dessus, on visualise le document lié : image, texte, tableau.

 

 

6) LISTE PARAMETRABLE

 

6.1 - Choix des éléments généraux

On choisit les éléments de la liste en définissant la place pour chacun d'eux (ex 3 signifie qu'on réserve 3 caractères pour l'élément - par ex le no du dossier).

On clique sur « descriptif » pour aller à l'écran suivant qui permet de choisir des éléments du descriptif.

 

 

6.2 - Choix des éléments du descriptif

On choisit l'élément du descriptif en cliquant 2 fois dans la liste des variables.

On choisit la place pour l'élément en cliquant 2 fois dans la liste des nombres (Attention - ne pas taper la valeur).

ex : 2 signifie qu'on réserve 2 caractères pour la variable. Si le nombre est >5, le libellé est indiqué en clair, sinon on obtient le code.

On enregistre le choix en cliquant sur le bouton « enregistre » ou on annule le choix en cliquant sur le bouton « annule » .

La sélection de l'élément s'affiche dans la fenêtre en-dessous par ligne.

 

6.3 - Modification de la sélection

Une fois tous les éléments choisis, on peut :

- modifier une ligne

- supprimer une ligne

- supprimer toutes les lignes

- trier la liste selon un des éléments

- enregistrer la structure (standard).

 

 

 7) SELECTION MULTICRITERES

 

7.1 - Sélection des éléments généraux

 - présence ou absence de texte

 - présence ou absence d'image

On clique sur « descriptif » pour aller à l'écran suivant (sélection sur les éléments du descriptif).

 

 

7.2 - Choix des éléments du descriptif

Les conditions portent au choix sur la présence :

- d'une réponse (quelconque) à une question (variable)

- d'une réponse imposée à une question (donnée de type liste))

- d'une réponse entre 2 bornes (donnée quantitative)

- d'un mot (chaîne) dans une variable de type texte

On sélectionne la modalité par un double-clic (elle est visualisée dans la fenêtre de gauche)

Le cas le plus fréquent est celui de la réponse imposée. Dans la fenêtre de droite, apparaît la liste de toutes les variables de type liste (qualitatives). On sélectionne la variable par un double-clic (elle est visualisée dans la fenêtre de gauche). Dans la fenêtre de droite, apparaît alors la liste de toutes les réponses possibles (les modalités de la variable liste). On sélectionne la réponse par un double-clic (elle est visualisée dans la fenêtre de gauche.

Après avoir défini chaque condition, il ne faut pas oublier de l'enregistrer (bouton « enregistre la condition »). Sinon, la sélection n'est pas prise en compte.

Si la sélection comprend plusieurs conditions, il faut choisir les opérateurs booléens,

au minimum le ET (intersection) ou le OU (réunion). Par défaut, l'opérateur ET est proposé. On peut combiner les conditions (parenthèses utilisables).

D'autres boutons permettent d'annuler le choix, d'effacer une condition ou de tout effacer.    

La sélection peut être sauvegardée (standard).

 

 

8) AUTRES RENSEIGNEMENTS

 

8.1 – Organisation du logiciel

(elle est modifiable en changeant les chemins)

 Le répertoire principal SESIM_I renferme notamment :

- les programmes (XXX.exe)

- des fichiers d'explication (XXX.aid)

- des fichiers de paramétrage : TEXTE_IMAGE.TXT (texte sous l'image du menu), CHEMIN_SESIM.TXT (chemin des programmes), CHEMIN_GENERAL.TXT (chemin de l'application), LECTEUR_IMAGES.TXT (chemin du lecteur des images) et TAILLE_IMAGE.TXT (2 tailles possibles en défilement des images)

- des bases utilisées provisoirement pour la saisie ou la modification d'un dossier 

L'application avec les bases et les fichiers de codage du descriptif de l'image est située dans un répertoire quelconque (ou un sous-répertoire de SESIM_I comme pour l'application Demo). Les images proviennent de n'importe quel endroit.

 

8.2 – Paramétrage

Dans la barre du menu général, on clique sur « Autres » puis sur « paramétrage » 

On aboutit à l’écran suivant qui permet de modifier des données nécessaires au paramétrage de la version.

 

 

8.3 – Aide en ligne

Elle existe à divers endroits :

Dans la barre du menu général, on clique sur « Autres » puis sur « informations sur le programme ».

Sur les autres écrans, figure souvent (en haut et à droite en général) le signe ? En cliquant dessus, on appelle un fichier d'aide qui fournit des renseignements.

NB : nombreuses « bulles » (visible en plaçant le curseur sur le composant visuel).

 

8.4 – Modification de l’emplacement des images

Dans la barre du menu général, on clique sur « Autres » puis sur « modification du chemin des images ». Dans la base des images, on stocke l’adresse des images (max = 100 caractères) mais pas le lecteur (défini par le fichier « lecteur pour les images » - voir ci-dessus)

ex : l’image (fichier photo1.jpg) est définie par c:\demo\images1\photo1.jpg

dans la base, on trouve : demo\images1\photo1.jpg

Si toutes les images sont mises sur le lecteur d, il suffit de modifier le lecteur (mettre d à la place de c). Si toutes les images (ou celles d’une partie des dossiers) sont placées dans le répertoire « photos » au lieu de « images1 », on propose de remplacer « images1 » par « photos » dans les dossiers voulus (on donne le premier et le dernier numéro, le texte à modifier et celui de remplacement) et le programme l’exécute automatiquement. Si les images en bitmap sont mises en jpeg, on fait la transformation « .bmp » en « .jpg »

 

8.5 - Accès direct aux tables (vidage possible)

Dans la barre du menu général, on clique sur « Autres » puis sur « accès direct aux tables (vidage possible). On peut voir par ex le contenu de la base des images avec l’adresse des images et les textes associés. On peut vider toutes les bases.

 

8.6 – Création d’une nouvelle application

Dans la barre du menu général, on clique sur « Autres » puis sur « création d’une nouvelle application ». Le programme propose de créer un nouveau répertoire puis précise les manœuvres à effectuer (recopie de bases et de fichiers, paramétrage..)

 

8.7 – Ajout de dossiers à une base existante

Dans la barre du menu général, on clique sur « Autres » puis sur « ajout de dossiers à une base existante ». Le programme propose de créer un nouveau répertoire puis précise les manœuvres à effectuer (recopie de bases et de fichiers, paramétrage..)

 

 

On choisit le répertoire de la base destinataire (c:\basex par défaut).

Attention : il faut recopier auparavant dans ce répertoire (basex ou un autre) les fichiers du questionnaire et les bases (soit vides, soit remplies et il faut les vider en cliquant sur « Tables » puis sur « vider les tables »).

On peut recopier une partie des dossiers (entre 2 numéros ou par une sélection).

Pour recopier, on clique sur « Exécution », sinon on annule.

Pour lire les dossiers, il faut enfin adapter les chemins.

 

8.8 – Différences entre I-SESIM et SESIM

Le logiciel SESIM (à partir duquel a été créé I-SESIM) permet aussi de traiter des images mais il est plus complet : on peut avoir un écran de données générales (nom, prénom, adresse..) et un autre de données médicales codées (diagnostics en CIM10 et actes en CCAM). SESIM comprend un programme de saisie et un autre d'exploitations. Les statistiques sont plus importantes (nombreux tests) et comprennent des graphiques.